改善作物品質，提高產量：氨基酸肥料能夠提高作物的蛋白質和糖的含量，從而達到改善作物品質和改良產品口味的功效，同時氨基酸肥料的增產效果非 常明顯。許麗娟等的研究表明：在同等使用劑量下，復合氨基酸微量元素螯合肥對作物的增產效果明顯優于無機微量元素肥料。儲成江對南京禾豐含氨基酸微量元素 水溶肥料在水稻大田示范中的應用效果研究表明：葉面噴施南京禾豐含氨基酸微量元素水溶肥料，可使水稻增產 561.0kg/hm2，增產率 7.56 %。

增強抗逆性：Ammar Bahari 等的研究證實了鹽脅迫條件下噴施氨基酸肥料可提高小麥幼苗的抗性。Sheng Guo 等的研究表明：Fe(Ⅱ)-氨基酸螯合物可以在一定程度上緩解鹽脅迫對番茄的不利影響。

改良土壤，減少污染：氨基酸作為一種含氮有機物，為土壤提供氮素養分的同時可以改善土壤質量，減少肥料殘留，提高肥料利用率，同時減少環境污染。